Полное секвенирование генома родителей, при ранее сделанном полногеномном секвенировании пробанда

Информация об исследовании:

Секвенирование генома – определение всей последовательности ДНК в ядре клетки и в митохондриях.  На сегодняшний день это самое полное генетическое исследование, которое выявляет максимальное количество возможных генетических изменений, которые могут быть  причиной генетического заболевания.  Проведение полногеномного секвенирования трио повышает его эффективность, по сравнению с аналогичным исследованием, проведенным только пробанду. Такой подход позволяет правильно классифицировать ранее не описанные варианты, варианты в генах кандидатах и значительно сокращает время постановки точного диагноза. Кроме того, проведение полногеномного секвенирования позволяет определить у родителей носительство патогенных мутаций, связанных с аутосомно-рецессивными заболеваниями и болезнями с поздним началом.

Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием генома:

• Однонуклеотидные  и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV);
• Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов
• Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации различного размера;
• Участки потери гетерозиготности и однородительские дисомии;
• Варианты в митохондриальном геноме с детекцией гетероплазмии >5%;
• Сбалансированные хромосомные изменения с определением точек разрыва (с ограничениями);
• Экспансия тандемных повторов в 37 генах (с ограничениями).

В отличии от других исследований полное секвенирование генома определят наличие всех вариантов не только в кодирующих областях генома (экзонах) но и в некодирующих (интроны, нетранслируемые регионы, межгенные участки) на которые приходится до 5% патогенных генетических вариантов.

Показания для проведения полного секвенирования генома родителей, при ранее сделанном полногеномном секвенировании пробанда:

• Если у ребенка с подозрением на генетическое заболевание не выявлено явных патогенных вариантов, но выявлены варианты с неизвестными клиническим значением.
• Исследование второй линии, при отрицательном результате прочих методов диагностики.
• Исследование может быть проведено при ранее проведенном секвенировании генома пробанду в лаборатории ГЕНОМЕД.

Метод исследования и его клиническая эффективность: Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома не менее 30x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем не менее 30 раз для нивелирования ошибок сиквенса). Следует знать, что полное секвенирование генома выявляет причину при подозрении на генетическое заболевание примерно у 50% пациентов в случае использования его в качестве теста теста первой линии.  При клиническом секвенировании генома после панелей или полного секвенирования экзома дополнительное выявление вариантов происходит в 5-8% случаев (прежде всего за счет детекции вариантов в некодирующих участках генома и определения CNV c высоким разрешением). 

Ограничения метода:  Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Короткие тандемные повторы, точки разрыва и сбалансированные транслокации определяются с небольшой точностью. Точность метода, также снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).  

Заключение по результатам исследования: В результате исследования может быть получена информация о десятках тысяч генетических вариантов, которые, как правило, являются непатогенными, даже если и находятся в клинически значимых генах. Для оценки патогенности каждого обнаруженного варианта используются специальные алгоритмы, которые позволяют выделить только варианты, которые с наибольшей вероятностью могут быть патогенными. Таких вариантов может быть от нескольких до нескольких десятков.  Если при заказе исследования пациент представил медицинскую документацию, то среди клинически значимых вариантов вариантов выбираются те, которые имеют отношение к фенотипу пациента. В заключение включаются только варианты, являющиеся патогенными и вероятно патогенными в соответствии с критериями ACMG или классифицированы таковыми в базе данных ClinVar и имеющие связь с фенотипом пациента.  К заключению прилагается файл со всеми обнаруженными вариантами. Однако, следует знать, что интерпретация данных секвенирования является непростой задачей, требующих специальных знаний. Только врач-генетик, прошедший специальную подготовку может дать правильную консультацию по результатам исследования.

Следующее обследование: При выявлении клинически значимых вариантов может потребоваться обследование родителей пробанда или других родственников. Если тест не выявил причины заболевания но подозрение на его генетическую причину осталось, то пациенту могут быть рекомендованы специфические методы обследования по рекомендации врача-генетика. Генетические технологии развиваются быстро и новые методы диагностики появляются ежегодно. Следите за новыми возможностями. Получите консультацию врача генетика и сделайте переанализ данных через 6-12 месяцев.