Полное секвенирование экзома ТРИО

Информация об исследовании:

Секвенирование экзома - определение структуры кодирующих участков (всех генов) всех генов. В исследование включены как клинически значимые, так и все остальные гены человека. Термином "ТРИО" в генетике обозначают отца, мать и ребенка. Проведение полноэкзомного секвенирования ТРИО повышает его эффективность, по сравнению с аналогичным исследованием, проведенным только пробанду. Такой подход позволяет правильно классифицировать ранее не описанные варианты, варианты в генах кандидатах и значительно сокращает время постановки точного диагноза. Кроме того, проведение полноэкзомного секвенирования трио позволяет определить у родителей носительство патогенных мутаций, связанных с аутосомно-рецессивными заболеваниями и болезнями с поздним началом.

Виды генетических изменений, определяемых полным секвенированием экзома:

• Однонуклеотидные  и мультинуклеотидные варианты (SNV и MNV) в экзонах всех генов;
• Малые вставки-делеции (in/del) до 50 пар нуклеотидов
• Вариации числа копий генов (CNV), такие как делеции/микроделеции и дупликации/микродупликации среднего и крупного размера (с огранчениями);

Тест  рекомендуется, в случаях, когда  другими методами не удалось установить причину заболевания, но есть высокая вероятность его генетической природы. В таких случаях рекомендуется проведение исследования пробанду и родителям с целью поиска генов с неизвестной клинической значимостью (GUS). При обнаружении общего патогенного варианта в таких генах можно рассматривать их как причину заболевания, при наличии дополнительной информации об этих генах и обнаруженных вариантах.  Полное секвенирование экзома в некоторых случаях может быть полезно для переанализа данных, когда может появиться информация о клинической значимости генов, которые ранее были классифицированы как гены с неизвестной клинической значимостью (GUS).

Показания для проведения полного секвенирования экзома:

• Исследование второй линии, когда у ребенка выявлены варианты с неизвестным клиническим значением и  при отрицательном результате прочих методов диагностики;

Метод исследования и его клиническая эффективность: Секвенирование нового поколения (NGS) со средним числом прочтений каждого участка генома не менее 70x (это означает, что каждый участок генома прочитывается в среднем 70 раз для снижения влияния технических ошибок сиквенса на результаты исследования).  При полном секвенировании экзома после секвенирования панели генов дополнительно выявляются от 5 до 15% патогенных вариантов.  Если тест выполнялся в качестве первой линии диагностики, вероятность обнаружения причины заболевания составляет 15-40% в зависимости от заболевания.  При полном секвенировании экзома после клинического  секвенирования экзома  дополнительного выявления вариантов патогенных вариантов в клинически значимых генах как правило не происходит.

Ограничения метода:  Метод не выявляет генетические варианты в повторяющихся вариантах генома (гены, имеющие псевдогены, паралоги, сегментарные повторы). Точность метода, также снижена в сложных участках генома (GC богатые и poly-n участки).

Заключение по результатам исследования: В результате исследования может быть получена информация о десятках тысяч генетических вариантов, которые, как правило, являются непатогенными, даже если и находятся в клинически значимых генах. Для оценки патогенности каждого обнаруженного варианта используются специальные алгоритмы, которые позволяют выделить только варианты, которые с наибольшей вероятностью могут быть патогенными. Таких вариантов может быть от нескольких до нескольких десятков.  Если при заказе исследования пациент представил медицинскую документацию, то среди клинически значимых вариантов вариантов выбираются те, которые имеют отношение к фенотипу пациента. В заключение включаются только варианты, являющиеся патогенными и вероятно патогенными в соответствии с критериями ACMG или классифицированы таковыми в базе данных ClinVar и имеющие связь с фенотипом пациента.  К заключению прилагается файл со всеми обнаруженными вариантами. Однако, следует знать, что интерпретация данных секвенирования является непростой задачей, требующих специальных знаний. Только врач-генетик, прошедший специальную подготовку может дать правильную консультацию по результатам исследования.

Следующее обследование: При выявлении клинически значимых вариантов может потребоваться обследование родителей пробанда или других родственников. Если тест не выявил причины заболевания но подозрение на его генетическую причину осталось, то пациенту может быть рекомендовано исследование следующего уровня - клиническое секвенирование генома. Для пациентов выполнивших тест полное секвенирование экзома, при проведении теста следующего уровня, предоставляется скидка в размере стоимости ранее выполненного исследования.