Мониторинг минимальной остаточной болезни. Signatera 1 (изготовление тест системы)

Signatera - это первый и единственный тест для молекулярного мониторинга минимальной остаточной болезни, основанный на оценке уровня свободноциркулирующей опухолевой ДНК. 

Определение минимальной остаточной болезни (МОБ) и раннего прогрессирования солидных опухолей достаточно сложная задача для традиционных методов исследования, таких как определение сывороточных онкомаркеров или современных методов визуализации (ПЭТ, МРТ).

SignateraTM (RUO) - это первый анализ свободноциркулирующей ДНК (сцДНК), предназначенный для мониторинга лечения и оценки МОБ, с возможностью обнаружения соматических мутаций в плазме крови при частоте мутантного аллеля < 0.01%.

Рутинные методы обнаружения сцДНК обычно включают анализ частых мутаций в генах, ассоциированных с терапией и прогнозом заболевания. Обычно исследования даже в рамках панелей генов обнаруживают лишь одну или две драйверные мутации в сцДНК. Кроме того, предел обнаружения мутантного аллеля обычно не выше 0.1%. В основе исследования Signatera лежит полное секвенирование экзома первичной опухоли и образца крови. На основе 16 уникальных соматических мутаций изготавливается персональная тест-система, позволяющая обнаруживать эти мутации в цоДНК в плазме.

Основные этапы исследования:

1 этап

Полное секвенирование экзома опухоли и соответствующего образца венозной крови. Анализ данных, диагностика соматических мутаций в опухоли.

2 этап

Выбор 16 клональных соматических мутаций и изготовление индивидуального мультиплексного ПЦР-праймера.

3 этап

Забор венозной крови для проведения жидкостной биопсии.

4 этап

Выделение и подготовка бибилиотек сцДНК с последующей 16-плексной ПЦР.

5 этап

После мультиплексной ПЦР-амплификации выполняется сверхглубокое секвенирование, со средней глубиной 100 000х. Анализ данных с целью обнаружения свободноциркулирущей опухолевой ДНК.

Чувствительность и специфичность исследования Signatera зависит от количества мутантного аллеля в образце плазмы и составляет 67% и 99,9% соответственно, при доле мутантного аллеля 0.03%. Чувствительность достигает 100% при доле мутантного аллеля 0.05%.

Исследование Signatera валидировано и может быть рекомендовано пациентам с 4 типами злокачественных новообразований: немелкоклеточный рак легкого, мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря, колоректальный рак, рак молочной железы.

Исследование выполняется в лаборатории Natera (Сан-Карлос, США).