Комплексное геномное профилирование опухоли Altera и Мониторинг минимальной остаточной болезни Signatera

Altera — это современный метод комплексного геномного профилирования (Comprehensive Genomic Profiling, CGP), предназначенный для детального анализа генетических изменений в опухолевых клетках.​ В тесте Altera определяются изменения в генах («мутации»), которые приводят к развитию рака и могут помочь в выборе терапии. В тест включены все клинически значимые генные мутации и биомаркеры. Цель теста – выявить соматические мутации. 

В тесте используется двойной подход (полноэкзомное секвенирование ДНК и полнотранскриптомное секвенирование РНК) с усиленным (углубленным) покрытием >500X для 440 клинически значимых генов. В результате Altera предоставляет полную информацию о наиболее часто встречаемых драйверных мутациях, но также и о менее распространенных биомаркерах.

Altera определяет:

• Однонуклеотидные варианты или точечные изменения (SNV), инделы и крупные структурные перестройки;
• Вставки и делеции (INDEL);
• Изменения числа копий (CNA);
• Генные слияния (Fusions);
• Микросателлитную нестабильность (MSI);
• Опухолевую мутационную нагрузку (TMB).

Altera охватывает весь экзом – более 20 000 генов, 300-500 из которых имеют отношение к раку. Тест позволяет выявить мутации, для которых уже существуют таргетные препараты. 

Что дает полученная информация лечащему врачу? 

• Таргетный подход к терапии: пациенты с одним и тем же типом рака получают лечение, подобранное с учетом особенностей конкретной опухоли. 
• Лечение нацелено на конкретные клетки: отчет дает прогноз ответа на конкретную терапию.
• Поиск клинических исследований: отчёт содержит список актуальных клинических исследований, подходящих пациенту с учётом молекулярного профиля;
• Комплексный мониторинг: возможна интеграция с тестом Signatera (тест на определение минимальной остаточной болезни, код 1631) который определяет наличие циркулирующей опухолевой ДНК в крови пациентка и риска рецидива.

Что дают результаты теста Altera пациенту?

• Подбор потенциально эффективной терапии в лечении опухоли;
• Ответы на вопросы, вызывающие тревогу;
• Новые направления терапии и новые возможности в будущем. 

Независимо от того, начинается ли курс лечения или рассматриваются альтернативные варианты, Altera — это специализированный тест, разработанный для анализа генетических изменений конкретной опухоли. Это исследование гарантирует, что все возможные методы лечения и клинические исследования будут тщательно рассмотрены и представлены в отчете. Анализируя генетический состав опухолевых клеток, Altera выявляет изменения, которые дают более глубокое понимание биологии каждого рака и помогают эффективно персонализировать подход к лечению.

Список генов, включенных в тест Altera: ABL1, ABL2, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALG10B, ALG11, ALK, AMER1, APC, API5, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ARID1B, ARID2, ASXL1, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXL, B2M, BAP1, BARD1, BCL10, BCL2, BCL2L1, BCL2L11, BCL2L2, BCL6, BCL7A, BCOR, BCORL1, BCR, BIRC3, BLM, BMPR1A, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BTG1, BTK, C11orf30, C1orf159, C7orf55, CALM1, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD274, CD79A, CD79B, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CHD2, CHD4, CHEK1, CHEK2, CIC, CNTNAP5, CREBBP, CRKL, CRLF2, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTLA4, CTNNA1, CTNNA2, CTNNB1, CUL3, CXCR4, CYLD, DAXX, DDR2, DDX3X, DERL1, DHX16, DICER1, DLX4, DNMT3A, DOT1L, DRD5, EEF1A1, EGFR, EIF4A2, EP300, EPHA3, EPHA5, EPHA7, EPHB1, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC2, ERCC3, ERCC4, ERCC5, ERG, ERRFI1, ESR1, ETV1, ETV4, ETV5, ETV6, EZH2, FAM106A, FAM46C, FANCA, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCL, FAS, FAT1, FBXW7, FCGR1A, FGF10, FGF14, FGF19, FGF23, FGF3, FGF4, FGF6, FGF7, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLT1, FLT3, FLT4, FOXA1, FOXL2, FOXO1, FOXP1, FRS2, FUBP1, GABRA6, GATA1, GATA2, GATA3, GATA4, GATA6, GID4, GLI1, GLIPR1L2, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GOLGA2, GPR124, GRIN2A, GRM3, GSK3B, H3F3A, H3F3B, HERC2, HGF, HIST1H3B, HIST2H2BF, HNF1A, HPCAL4, HRAS, HSD3B1, HSP90AA1, IDH1, IDH2, IGF1R, IGF2, IKBKE, IKZF1, IL7R, INHBA, INPP4B, IRF2, IRF4, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KAT6A, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIT, KLF4, KLHL6, KMT2A, KMT2C, KMT2D, KRAS, LMO1, LRP1B, LRRC4C, LTB, LYN, LZTR1, MAGI2, MALT1, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K14, MAPK1, MAT2A, MAX, MCL1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MET, MITF, MLH1, MPL, MRE11A, MSH2, MSH6, MSI2, MTOR, MUTYH, MYB, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, NBN, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NPM1, NRAS, NSD1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUP93, P2RY14, PAK3, PALB2, PARK2, PAX5, PBRM1, PCMTD1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PES1, PHF6, PHOX2B, PIK3C2B, PIK3CA, PIK3CB, PIK3CG, PIK3R1, PIK3R2, PIM1, PLCG2, PLCL1, PLEKHS1, PMS1, PMS2, POLD1, POLE, POLQ, PPARG, PPP2R1A, PRDM1, PRELID2, PREX2, PRKAR1A, PRKCI, PRKDC, PRSS8, PSMB3, PTCH1, PTEN, PTPN11, QKI, RAC1, RAD21, RAD50, RAD51, RAD51B, RAF1, RANBP2, RARA, RB1, RBM10, RCN1, RECQL4, REL, RET, RHEB, RHOA, RICTOR, RIT1, RNF34, RNF43, ROS1, RP11-160N1.10, RPTOR, RUNX1, RUNX1T1, SDHA, SDHAF2, SDHB, SDHC, SDHD, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SLIT2, SMAD2, SMAD3, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMC1A, SMC3, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX10, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SPTA1, SRC, SRCIN1, SRSF2, STAG2, STAG3, STAT3, STAT4, STAT5B, STK11, SUFU, SUZ12, SYK, TAF1, TBC1D31, TBL1XR1, TBX3, TCF3, TCF7L2, TERC, TERT, TET1, TET2, TGFBR2, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF10A, TNFRSF10B, TNFRSF14, TOB2, TOP1, TOP2A, TP53, TP53TG3D, TP63, TPPP2, TPSAB1, TRAF3, TRAF7, TSC1, TSC2, TSHR, TTLL11, TTLL6, TTLL7, TUBA3C, TUBA3D, TUBA3E, TUBAL3, TUBB3, TUBGCP4, TUBGCP6, U2AF1, VEGFA, VHL, WDR74, WHSC1, WHSC1L1, WISP3, WT1, WWTR1, XBP1, XPO1, ZBTB2, ZFP41, ZNF208, ZNF217, ZNF703, ZNF773

Signatera - это первый и единственный тест для молекулярного мониторинга минимальной остаточной болезни, основанный на оценке уровня свободноциркулирующей опухолевой ДНК. 

Определение минимальной остаточной болезни (МОБ) и раннего прогрессирования солидных опухолей достаточно сложная задача для традиционных методов исследования, таких как определение сывороточных онкомаркеров или современных методов визуализации (ПЭТ, МРТ).

SignateraTM (RUO) - это первый анализ свободноциркулирующей ДНК (сцДНК), предназначенный для мониторинга лечения и оценки МОБ, с возможностью обнаружения соматических мутаций в плазме крови при частоте мутантного аллеля < 0.01%.

Рутинные методы обнаружения сцДНК обычно включают анализ частых мутаций в генах, ассоциированных с терапией и прогнозом заболевания. Обычно исследования даже в рамках панелей генов обнаруживают лишь одну или две драйверные мутации в сцДНК. Кроме того, предел обнаружения мутантного аллеля обычно не выше 0.1%. В основе исследования Signatera лежит полное секвенирование экзома первичной опухоли и образца крови. На основе 16 уникальных соматических мутаций изготавливается персональная тест-система, позволяющая обнаруживать эти мутации в цоДНК в плазме.

Основные этапы исследования:

1 этап

Полное секвенирование экзома опухоли и соответствующего образца венозной крови. Анализ данных, диагностика соматических мутаций в опухоли.

2 этап

Выбор 16 клональных соматических мутаций и изготовление индивидуального мультиплексного ПЦР-праймера.

3 этап

Забор венозной крови для проведения жидкостной биопсии.

4 этап

Выделение и подготовка бибилиотек сцДНК с последующей 16-плексной ПЦР.

5 этап

После мультиплексной ПЦР-амплификации выполняется сверхглубокое секвенирование, со средней глубиной 100 000х. Анализ данных с целью обнаружения свободноциркулирущей опухолевой ДНК.

Чувствительность и специфичность исследования Signatera зависит от количества мутантного аллеля в образце плазмы и составляет 67% и 99,9% соответственно, при доле мутантного аллеля 0.03%. Чувствительность достигает 100% при доле мутантного аллеля 0.05%.

Исследование Signatera валидировано и может быть рекомендовано пациентам с 4 типами злокачественных новообразований: немелкоклеточный рак легкого, мышечно-инвазивный рак мочевого пузыря, колоректальный рак, рак молочной железы.

Исследование выполняется в лаборатории Natera (Сан-Карлос, США).

Отправленный на исследование блок возвращаться из США не будет.