FoundationOne Monitor

FoundationOne Monitor – это молекулярно-генетический тест, позволяющий описать динамику циркулирующей опухолевой ДНК (цоДНК) и частоты вариантных аллелей (VAF) отдельных генетических вариантов у пациентов с солидными злокачественными новообразованиями, получающих терапию, для принятия информированных решений по оценке ответа на терапию, прогрессирования заболевания и наличию мутаций, определяющих резистентность.

FoundationOne Monitor основан на анализе цоДНК – фрагментов ДНК опухоли, которые попадают в кровоток. На каждом временном этапе определяется доля циркулирующей опухолевой ДНК среди общей циркулирующей внеклеточной ДНК в образце крови. Количественная оценка опухолевой фракции доступна не для каждого образца. Последовательное измерение цоДНК позволяет оценивать изменение молекулярной опухолевой нагрузки в динамике и отслеживать молекулярный ответ на лечение. Данный анализ также может быть использован в рамках клинических исследований.

Тест позволяет отслеживать отдельные генетические варианты и молекулярные изменения в 324 генах, что может использоваться для изучения эволюции опухоли и механизмов резистентности к лекарственной терапии. Список генов, включенных в исследование:

ABL1, ACVR1B, AKT1, AKT2, AKT3, ALK, ALOX12B, AMER1, APC, AR, ARAF, ARFRP1, ARID1A, ASXL1, ATM, ATR, ATRX, AURKA, AURKB, AXIN1, AXL, BAP1, BARD1, BCL2, BCL2L1, BCL2L2, BCL6, BCOR, BCORL1, BCR, BRAF, BRCA1, BRCA2, BRD4, BRIP1, BTG1, BTG2, BTK, CALR, CARD11, CASP8, CBFB, CBL, CCND1, CCND2, CCND3, CCNE1, CD22, CD70, CD74, CD79A, CD79B, CD274, CDC73, CDH1, CDK12, CDK4, CDK6, CDK8, CDKN1A, CDKN1B, CDKN2A, CDKN2B, CDKN2C, CEBPA, CHEK1, CHEK2, CIC, CREBBP, CRKL, CSF1R, CSF3R, CTCF, CTNNA1, CTNNB1, CUL3, CUL4A, CXCR4, CYP17A1, DAXX, DDR1, DDR2, DIS3, DNMT3A, DOT1L, EED, EGFR, EMSY, EP300, EPHA3, EPHB1, EPHB4, ERBB2, ERBB3, ERBB4, ERCC4, ERG, ERRFI1, ESR1, ETV4, ETV5, ETV6, EWSR1, EZH2, EZR, FANCA, FANCC, FANCG, FANCL, FAS, FBXW7, FGF10, FGF12, FGF14, FGF19, FGF23, FGF3, FGF4, FGF6, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, FH, FLCN, FLT1, FLT3, FOXL2, FUBP1, GABRA6, GATA3, GATA4, GATA6, GID4, GNA11, GNA13, GNAQ, GNAS, GRM3, GSK3B, H3-3A, HDAC1, HGF, HNF1A, HRAS, HSD3B1, ID3, IDH1, IDH2, IGF1R, IKBKE, IKZF1, INPP4B, IRF2, IRF4, IRS2, JAK1, JAK2, JAK3, JUN, KDM5A, KDM5C, KDM6A, KDR, KEAP1, KEL, KIT, KLHL6, KMT2A, KMT2D, KRAS, LTK, LYN, MAF, MAP2K1, MAP2K2, MAP2K4, MAP3K1, MAP3K13, MAPK1, MCL1, MDM2, MDM4, MED12, MEF2B, MEN1, MERTK, MET, MITF, MKNK1, MLH1, MPL, MRE11, MSH2, MSH3, MSH6, MST1R, MTAP, MTOR, MUTYH, MYB, MYC, MYCL, MYCN, MYD88, NBN, NF1, NF2, NFE2L2, NFKBIA, NKX2-1, NOTCH1, NOTCH2, NOTCH3, NPM1, NRAS, NSD2, NSD3, NT5C2, NTRK1, NTRK2, NTRK3, NUTM1, P2RY8, PALB2, PARP1, PARP2, PARP3, PAX5, PBRM1, PDCD1, PDCD1LG2, PDGFRA, PDGFRB, PDK1, PIK3C2B, PIK3C2G, PIK3CA, PIK3CB, PIK3R1, PIM1, PMS2, POLD1, POLE, PPARG, PPP2R1A, PPP2R2A, PRDM1, PRKAR1A, PRKCI, PRKN, PTCH1, PTEN, PTPN11, PTPRO, QKI, RAC1, RAD21, RAD51, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD52, RAD54L, RAF1, RARA, RB1, RBM10, REL, RET, RICTOR, RNF43, ROS1, RPTOR, RSPO2, SDC4, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SETD2, SF3B1, SGK1, SLC34A2, SMAD2, SMAD4, SMARCA4, SMARCB1, SMO, SNCAIP, SOCS1, SOX2, SOX9, SPEN, SPOP, SRC, STAG2, STAT3, STK11, SUFU, SYK, TBX3, TEK, TENT5C, TERC, TERT, TET2, TGFBR2, TIPARP, TMPRSS2, TNFAIP3, TNFRSF14, TP53, TSC1, TSC2, TYRO3, U2AF1, VEGFA, VHL, WT1, XPO1, XRCC2, ZNF217, ZNF703

FoundationOne Monitor может использоваться для:

• динамического мониторинга уровня цоДНК во время лечения;
• оценки молекулярного ответа опухоли на терапию;
• выявления молекулярных изменений, которые могут предшествовать изменениям, определяемым при визуализации (КТ, МРТ и др.);
• мониторинга отдельных генетических изменений опухоли;
• оценки изменений, связанных с приобретением резистентности к терапии;
• получения дополнительной информации для исследовательских и клинических программ.

Тест FoundationOne Monitor не требует предварительного анализа опухолевой ткани для создания индивидуального теста. Для проведения исследования используется только образец периферической крови. Для оценки изменений в динамике образцы крови могут исследоваться в разные моменты лечения, что позволяет построить индивидуальную картину изменения уровня цоДНК во времени.

В отчёт могут включаться как соматические (не наследуемые), так и герминальные (наследуемые) мутации; вместе с тем, тест не позволяет провести разграничение между герминальными и соматическими мутациями. Происхождение подлежащих включению в отчёт вариантов классифицируется на основании алгоритма, позволяющего прогнозировать, связаны ли наблюдаемые находки с большой вероятностью с опухолью пациента (предположительно опухолевые соматические) либо являются герминальными (предположительно герминальные). Происхождение некоторых вариантов классифицировать не представляется возможным; эти варианты могут быть связаны с клональным гемопоэзом, распространённой возрастной клональной экспансией гемопоэтических стволовых клеток, либо с недостаточными доказательными данными, которыми можно было бы обосновать их опухолевый соматический либо герминальный статус.

Важно отметить, что тест не заменяет исследование наследственной предрасположенности.

Ограничения метода:

• FoundationOne Monitor определяет цоДНК как биомаркер содержания опухолевой ДНК в крови. Отсутствие выявляемой цоДНК не означает гарантированного отсутствия опухолевого заболевания, а снижение уровня цоДНК не всегда свидетельствует об ответе на терапию.
• Чувствительность определения цоДНК может быть ограничена при некоторых типах опухолей, которые выделяют небольшое количество опухолевой ДНК в кровоток. Кроме того, информативность анализа может быть снижена, если кровь была взята в течение двух недель после хирургического вмешательства.
• Данная услуга не предполагает дополнительную выдачу первичных данных.

Исследование выполняется в лаборатории Foundation Medicine – лаборатории компаний Foundation Medicine Inc. (США)/Foundation Medicine Germany GmbH (Германия)

Метод исследования - высокопроизводительное секвенирование (Next Generation Sequencing, NGS).